全书包括五部分。

第一部分，标题为“一个文明的世界”。萨缪尔·亨廷顿认为，冷战后，全球政治成为多极和多文明的，冷战后的世界是由7个或8个主要文明构成的。它们是：西方文明、中国文明、印度文明、日本文明、伊斯兰文明、东正教文明、拉丁美洲文明和可能的非洲文明。国际关系的主要行为者不再是一般的民族国家，而是文明的核心国家。亨廷顿指出，文明是人的最高文化归属，是人必不可少的文化认同的最大层面，是人区别于其他物种的根本，现代化不同于西方化，它既不会形成任何意义上的普遍文明，也不会导致非西方社会西方化。

第二部分，标题为“变换的文明均势”。亨廷顿指出，文明之间的权力均势正在变更，西方文明正在衰落，它在世界政治、经济、军事力量中所占的比重相比其他文明正日益缩小；相反，亚洲文明却在发展社大他们的经济，军事和政治力量；伊斯兰文明的人口正在激增，打破了穆斯林国家与其邻国的平衡关系。一般来说，非西方文明都在重新肯定他们自身的文化价值，在21世纪初期，人类将经历非西方权力与文化的复兴，经历非西方文明内部相互之间以及与西方文明之间的冲突。

第三部分，标题为“正在出现的文明秩序”。亨廷顿认为，受现代化的驱使，全球的政治正沿着文明界限进行重组，具有相似文明的人民和国家正在聚合。具有不同文化的人民和国家正在分离。由意识形态和超级大国关系界定的联盟正让位于由文化和文明界定的联盟。文化社会正在取代冷战集团，文明之间的断裂带正在变成全球政治中冲突的中心地带，因此，一个以文明为基础的世界秩序正在出现。

第四部分，标题为“文明的冲突”。这是全书的核心。亨廷顿首先指出，文明是人类的终极部落，文明的冲突就是全球规模的部落冲突，文明间冲突一般有两种形式，在地区或微观层次上，不同文明的邻国或一国内不同文明的集团之间的断裂带冲突；在全球或宏观层次上，不同文明的主要国家之间的核心冲突，其次，亨廷顿认为断裂带战争具有相对持久、时断时续、暴力水平高、意识形态混乱、难以通过协商解决等特点。不仅如此，断裂带战争通常发生在信仰不同宗教、不同神的人民之间，再次，亨廷顿从历史学、人口学和政治学角度分析了断裂带战争爆发的原因：历史上的冲突遗产，恐惧不安和彼此仇恨的历史记忆；人口比例的巨大改变，一方对另一方造成的政治、经济和社会压力；政治上新兴政治实体对民主化进程的强烈要求。最后，亨廷顿指出，由于断裂带战争是间断性的，断裂带冲交是无休止的，因此永久性地结束断裂带战争是不可能的，而只能暂时性地休止断裂带冲突，这通常需要主要参与者的疲惫衰竭和非主要参与者的积极介人。休止断裂带战争，阻止它们升级为全球战争，主要依靠世界主要文明核心国的利益和行动。断裂带战争自下而上，断裂带和平却只能自上而下。

第五部分，标题为“文明的未来”。亨廷顿认为，西方的生存有赖于美国人重新肯定他们的西方认同，以及西方人把他们的文明看作是独特的而非普遍的，并团结一致对付来自非西方社会的挑战.全球文明间战争的避免则有赖于世界领袖接受并合作维持全球政治的多元文明性质。由世界主要文明核心国卷入的全球战争虽然爆发的可能性极小，但并不是不可能的。这种危险的根源在于：文明及其核心国之间权力均势的变换。在未来时代，主要文明间战争的防止需要各国遵守三个规则：（1）弃权规则，即核心国避免干涉其他文明的冲庭，这是多文明和多极世界的和平的首要前提条件；（2）合作调节规则，即核心国相互协商遏制和休止彼此文明间的断裂带战争；（3）求同规则，即所有文明的人民都应探寻并努力扩展与其它文明在价值观、惯例和习俗方面的共性。人类必须学会如何在复杂的多极的多文明的世界内共存。在书的结尾，亨廷顿指出：“文明冲突是对世界和平的最大威胁，以文明为基础的国际秩序是防止世界战争最可靠的保障。”